Fóssil de Rhabdocidaris orbgniano (molde interno).A colecção de Naturália do Museu de Évora abrange peças representativas de rochas e minerais e de inúmeros grupos de animais e plantas, como dentes, ossos, sementes, flores e frutos.

A colecção é composta por elementos que para a época eram muito pouco conhecidos e raros em Portugal, a que não falta uma aura de mistério.

Do grupo de peças mais emblemáticas da colecção destacam-se os fósseis. Entre eles os fósseis de fácies, como os Corais e os fósseis de idade, como a Amonite. Esta última, a principal responsável pela classificação do Cabo Mondego como estrato tipo do Jurássico Médio (180Ma a 151Ma), pela Unesco.

Encontra-se também representado nas colecções o Pentacrinus penichensis que deve o seu nome a Portugal, mais concretamente a Peniche, pelo facto de aí ser encontrado com muita abundância. Também se podem encontrar alguns dos mais antigos seres vivos que se conhecem, como a Anullaria stellata, planta conhecida como cavalinha, os Braquiópodes, os Cefalópodes, as Goniatites e, ainda, um bom acervo de exemplares do Mesozóico e Cenozóico.